Giovanni da Fidanza, né à Bagnorea (actuelle Bagnoregio, près de Viterbe, Italie) en vers 1220, baptisé Giovanni à sa naissance, il prend par la suite le nom de « Bonaventure ». Nous ne savons rien de sa jeunesse, ni des raisons de son changement de nom. Selon une tradition du XVe siècle, le jeune Giovanni, gravement malade, aurait été apporté à François d'Assise, lequel se serait écrié en le voyant : « O buona ventura! » (« quelle chance ! »).
Son père, médecin, l’envoie étudier à la Sorbonne en 1236. Il rejoint l'Ordre des frères mineurs en 1243. En 1248, Bonaventure obtient sa licence, ce qui l'autorise à enseigner à son tour à l'Université. En 1256, l'animosité montante des universitaires à l'égard des ordres mendiants l'oblige à quitter son poste.
La même année, et malgré son jeune âge, Bonaventure avait été élu ministre général de son ordre, en succession de Jean de Parme. Lors du chapitre général de Pise, il prescrit la sonnerie des cloches à la tombée de la nuit, en l'honneur de l'Annonciation — pratique qui préfigure la prière de l'Angélus.
En 1273, Bonaventure est consacré cardinal-évêque d'Albano par le nouveau pape. L'année suivante, Bonaventure quitte la tête des franciscains. Il est remplacé à cet office par Jérôme d'Ascoli, futur Nicolas IV. Il est alors chargé par Grégoire X de préparer le IIe concile de Lyon, qui s'ouvre le 7 mai 1274. Il meurt le 14 juillet, pendant la session.
Il est inhumé dans l'église franciscaine de Lyon, aujourd'hui nommée église Saint-Bonaventure. Son corps y repose jusqu'à la Révolution Française, où il fut jeté dans le Rhône.
Le 14 avril 1482, Sixte IV, pape franciscain, l'inscrit au nombre des saints. Bonaventure est proclamé docteur de l'Église en 1587 par le pape franciscain Sixte Quint.