Vers 1240, un ermite de la Congrégation des Augustins, Giacomo da Fano, fut envoyé à Venise avec pour mission de fonder un nouveau monastère dans la ville. En 1242, il achète à la veuve de Piero del Pozzo, un grand terrain à l'angle entre le rio de Sant'Anna (à l'époque nommé Rio de Castelo) et le Canal de San Piero de Castelo. Avec l'autorisation de l'évêque de Castello, Piero Pino, un monastère et une église à trois nefs, qui était dédiée à Sant' Anna et Santa Catarina sont construits.
L'emplacement très isolé du monastère, situé à l'extrême limite de la ville, ne facilitait pas le zèle des moines à aider les autres. Ils achetèrent donc un terrain mieux placé là et construisent un couvent et une église dédiée à Saint-Etienne, (Paroisse San Vidal, Sestier de San Marco) avec la permission de l'évêque de Castello, Bartolomio Querini II.
A la même époque, un groupe de femmes dévouées, conduit par la supérieur Maria Zotto étaient à la recherche d'un endroit isolé dans la pour vivre selon la règle de saint Benoît. L'achat par les Ermites a été signé en 1297.
Vers la fin du XVe siècle, cependant, le monastère était renommé comme l'un des plus “souples“ de Venise, peuplé en grande partie par des femmes nobles à qui le voile avait été imposé afin d'éviter la dispersion du patrimoine familial. Le couvent bénédictin a été poursuivi pour actes charnels vers la fin des années 1500. Arcangela Tarabotti (1) vécu ici dans le début du 17ème siècle,
La première pierre d'une église conçue par Francesco Contini a été posée en 1634. Les dons des quatre principaux travailleurs de l'arsenal (Calfats, fabricants de rames, menuisiers et scieurs de bois) permirent d'ériger chapelle et autel contenant notamment une peinture du Christ, de la Vierge et des saints Rocco, Anna, Sebastiano et Lorenzo par Lorenzetti. L'église fut achevée en 1659 et consacrée sous le titre unique de Sant' Anna. La nouvelle église, avait radicalement changé d' apparence avec une nef unique une chapelle absidiale extérieure à la structure de la nef.
Par décret du 28 Juillet 1806, l'église et le monastère furent supprimés et les bâtiments remis à la Marine.
Les cinq autels ont été déplacés à l'église de San Biasio qui entre-temps avait été rouverte au culte après une longue période d'abandon. Le campanile fut détruit après 1815.
Après la suppression du couvent (qui s'étend le long du canal vers la gauche à l'arrière de l'église) les bâtiments ont servi de collège pour les cadets de la marine, puis de caserne en 1850 (avec l'église utilisée comme un gymnase) et un hôpital en 1867. La Marine a abandonné le bâtiment en 1986. Le site a été converti en appartements.
Deux filles du Tintoret, Ottavia et Perina Robusti prirent le voile dans ce couvent.