L'histoire de l'église des Saints Jean et Paul commence avec le rêve d'un doge, Jacopo Tiepolo, qui eut une vision accompagnée de la voix du Seigneur qui disait : "Voici le lieu que j'ai choisi pour mes prédicateurs" c'est-à-dire les moines dominicains présents à Venise dès 1226 auprès de l'église de San Martino.
L'acte donation pour la nouvelle église fut promulgué par l'état vénitien en juin 1234, peu avant la canonisation de Saint Dominique qui eut lieu le 3 juillet de cette même année. La construction commença au siècle suivant sous la direction de deux dominicains, fra benvenuto de Bologne et Fra Nicolo d'Imola et continua malgré quelques interruptions causées aussi par les épidémies de peste qui s'abattirent sur la ville au cours du XIV siècle. L'église fut consacrée le 14 novembre 1430 par le neveu du Pape Grégoire XII, Antonio Corrario, évêque de Gereda.
En 1810, l'église devint église paroissiale et confiée aux Dominicains. Dans la nuit du 15 au 16 août 1867 le feu détruit la Chapelle du Rosaire réduisant en cendres 34 toiles dont de grands chefs-d’oeuvre. Au début du 20 ème siècle, commence la restauration complète. Les bombes de la première guerre mondiale atteignent la Basilique, mais ne touchent à rien d’essentiel et la réparation des dommages de guerre fut si bien réalisée qu’en 1922 les grands travaux étaient terminés. Plus lente sera la restauration de la Chapelle du Rosaire commencée au début du siècle, et terminée en octobre 1959.
L’église est considérée comme le Panthéon des doges. Déjà à la fin du 13è siècle quatre doges: Jacques Tiepolo, Renier Zen, Laurent Tiepolo et Jean Dandolo, y avaient reçu une sépulture glorieuse. Il en fut ainsi par la suite: au 15è siècle, sur quatorze doges, huit furent ensevelis ici. Vers la moitié du 15è siècle, la Seigneurie décréta que les funérailles solennelles de tous les doges seraient célébrées à San Zanipolo, même si l’on devait les ensevelir ensuite ailleurs.
San Zanipolo vu du campanile de San Giorgio Maggiore
San Zanipolo sur des plans de situation anciens :
San Zanipolo sur des plans en élévation anciens :