On ignore la date de création de ce monastère (à l'origine San Nicola Vescovo - Saint-Nicolas-Évêque). D'abord entre les mains des augustins, il fut appelé San Nicolò della Torre, à cause d'une tour implantée au milieu du monastère. Dans la seconde partie du XIVe siècle, il passa aux bénédictins et un siècle plus tard aux clarisses, d'où son nouveau nom de Santa Chiara (Sainte Claire). En 1519, l'église fut restaurée. En 1810 , suite au décret napoléonien, l'église et le couvent ont été supprimés . L'emplacement et la taille des bâtiments les rendent attractifs pour un établissement industriel. En 1826, les frères Marietti achètent l'église et le couvent attenant pour la production de bouteilles pour le vin, de vitres et de cloches de verre. Dans les années 1880, le nouveau propriétaire, le baron Franchetti, opère des changements importants à la structure qui est équipée avec des planchers intérieurs pour augmenter la surface. La façade fut cependant sauvegardée et restaurée.
Nicolò Donato (Venise 28 janvier 1539 – Venise 9 mai 1618 ) qui fut le 93ème Doge de Venise élu en 1618, (Dogat du 4 avril au 9 mai) fut enterré dans l'église mais sa tombe sera détruite lors de l'occupation de Venise par les troupes françaises, en 1797.
Santa Chiara sur des plans en élévation anciens :
Façade (prise à travers une grille)